EXAFS Analyzer

EXAFS Analyzer es una interfaz gráfica (GUI) avanzada y de código abierto construida en Python (PyQt5) para el procesamiento, análisis y ajuste de datos de espectroscopía de absorción de rayos X (XAS / EXAFS). Este software actúa como un entorno visual unificado ("frontend") para la potente librería científica Larch y el motor de dispersión cuántica FEFF8, simplificando el flujo de trabajo desde la importación de datos crudos hasta la obtención de parámetros estructurales en la primera capa de coordinación.

ACTUALMENTE PROGRAMADO PARA LEER FICHEROS DE ADVANCED PHOTON SOURCE (APS) (Archivos "setup-full-XXXXX")

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Install the required dependencies (run this command in the folder containing the script):

pip install -r requirements.txt

Run the application by typing the following in your terminal (inside the script folder):

python "EXAFS_Analyzer.py"

Create a Standalone Executable (.exe) (Run by typing in your terminal inside the script folder):

pyinstaller --onefile --noconsole --icon=icon.ico --exclude-module PyQt6 "EXAFS_Analyzer.py"

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Características Principales

El programa está diseñado con un flujo de trabajo en 6 pestañas secuenciales y un lienzo de visualización global que se actualiza en tiempo real:

• 1. Explorador Universal de Datos: Carga múltiple de archivos .txt, .csv o .xlsx.
  • Detección inteligente de columnas y trazado visual instantáneo.
  • Cálculo de medias e interpolación para promediar espectros.
  • Gráficos de diferencia entre muestras.
• 2. Normalización (Pre-edge): Ajuste interactivo de E0, pre-edge y post-edge para obtener la señal normalizada.
• 3. Extracción del Background (Autobk): Ajuste de Spline optimizado mediante el parámetro Rbkg.
  • Extracción visual de las oscilaciones de EXAFS puras con diferentes pesos (k-weight).
• 4. Transformada de Fourier (Espacio R): Paso al espacio de distancias aplicando funciones de ventana y suavizado de bordes.
• 5. Motor FEFF Integrado: Generador automático de archivos feff.inp a partir de estructuras cristalográficas (.cif).
  • Ajuste avanzado de parámetros termodinámicos, tamaño del clúster y criterios de dispersión.
  • Ejecución nativa de FEFF y extracción automática de las rutas de dispersión (paths) en una tabla interactiva.
• 6. Ajuste Dinámico Multipath: Ajuste simultáneo en el espacio R y k.
  • Autodetección inteligente de la primera capa de coordinación según el rango R seleccionado.
  • Ajuste de parámetros globales y locales para cada path (N, Delta R, Sigma2).
• Utilidades Globales: Exportación rápida gráfica a un archivo .txt estructurado en columnas, listo para graficar en OriginLab o Excel.

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Guía Rápida de Uso

• Datos: En la pestaña 1, carga tus datos del sincrotrón. Selecciona tu columna de Energía en el "Eje X" y la de Absorción en el "Eje Y".

• Procesamiento: Avanza por las pestañas 2, 3 y 4 ajustando los parámetros para aislar correctamente tu señal EXAFS y obtener una transformada de Fourier limpia.

• Paths Teóricos: Ve a la pestaña 5. Carga un archivo .cif de tu molécula teórica, selecciona tu átomo central y pulsa en "Ejecutar FEFF".

• Fiteo: En la pestaña 6, define tu ventana R. Haz clic en Autodetectar 1ª Capa para cargar los paths de FEFF correspondientes, y haz clic en Ejecutar para ver los resultados de tu ajuste estructural.

• Exportar: Utiliza el botón verde 💾 Exportar Datos (TXT) en el panel derecho en cualquier momento para guardar tus curvas.