plotfig

简介

plotfig 是一个专为科学数据可视化设计的 Python 库， 致力于为认知神经科研工作人员提供高效、易用且美观的图形绘制工具。 该项目基于业界主流的可视化库—— matplotlib、surfplot 和 plotly等库开发， 融合了三者的强大功能，能够满足神经科学以及脑连接组学中多种场景下的复杂绘图需求。

项目结构

项目采用模块化设计，核心代码位于 src/plotfig/ 目录下，包含如下主要功能模块：

• bar.py：条形图绘制，适用于分组数据的对比展示。
• matrix.py：通用矩阵可视化，支持多种配色和注释方式。
• correlation.py：相关性矩阵可视化，便于分析变量间的相关性分布。
• circos.py：弦图可视化，适合平面展示脑区之间的连接关系。
• brain_surface.py：脑表面可视化，实现三维脑表面图集结构的绘制。
• brain_connection.py：玻璃脑连接可视化，支持复杂的脑网络结构展示。

文档与示例

plotfig 提供了网页文档和使用示例。具体参见使用教程。

安装

plotfig 支持通过包管理器安装或直接从源码中安装，要求 Python 3.11 及以上版本。

使用包管理器安装 (推荐)

=== "uv"

``` bash
uv add plotfig
```

=== "pip"

``` bash
pip install plotfig
```

从源码中安装

首先下载源码到某个目录（例如 /path/to/plotfig）：

git clone https://github.com/RicardoRyn/plotfig.git /path/to/plotfig

然后在您的项目目录中执行：

=== "uv"

``` bash
uv add /path/to/plotfig
```

=== "pip"

``` bash
pip install /path/to/plotfig
```

注意：/path/to/plotfig 应替换为实际的路径。

贡献

如果您希望体验这些功能或参与 plotfig 的开发，可以选择以 开发模式（editable mode） 安装项目。

这种安装方式允许您对本地源码的修改立即生效，非常适合调试、开发和贡献代码。

推荐流程：

1. Fork 本仓库到您的 GitHub 账号
2. 克隆您的 Fork 到本地：

git clone https://github.com/USERNAME/plotfig.git /path/to/plotfig

3. 在您的项目目录中以开发模式安装：

=== "uv"

``` bash
uv add --editable /path/to/plotfig
```

=== "pip"

``` bash
pip install -e /path/to/plotfig
```

注意：/path/to/plotfig 应替换为实际的路径。

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