AtoM em Docker

Stack dockerizada do Access to Memory (AtoM) pronta para desenvolvimento e provas de conceito. O conteudo de ./src e montado dentro do container, permitindo editar o codigo no host enquanto os servicos de infraestrutura permanecem isolados.

Visao geral

• docker-compose.yml orquestra MySQL 8, Elasticsearch 7.17, Gearman, o servidor web AtoM (atom) e um worker separado para filas (atom-worker).
• O container principal roda Nginx + PHP 8.3 via Supervisord e executa symfony tools:install automaticamente na primeira subida quando AUTO_INSTALL=1.
• Volumes nomeados preservam banco, indice de busca, cache e uploads entre recriacoes de containers.

Requisitos

• Docker 24+ e Docker Compose Plugin v2.
• Pelo menos 6 GB de RAM disponivel (Elasticsearch exige ~2 GB dedicados) e 2 CPUs.
• Porta 8080 livre no host.

Estrutura do repositorio

• docker-compose.yml: definicoes dos servicos, healthchecks e volumes persistentes.
• Dockerfile: imagem baseada em Ubuntu 24.04 com PHP 8.3, Nginx e Supervisord.
• docker/entrypoint.sh: aguarda dependencias, dispara instalacao inicial e aplica permissoes.
• docker/nginx-atom.conf: virtual host que entrega PHP via php-fpm e arquivos estaticos com cache.
• docker/supervisord.conf: inicia Nginx e PHP-FPM no mesmo container.
• src/: copia do codigo AtoM (bind mount). Nenhum artefato e copiado para a imagem durante o build.

Servicos

Servico	Porta host	Descricao
mysql	n/a	MySQL 8.0 com autenticacao mysql_native_password. Volume mysql_data.
elasticsearch	9200	Cluster single-node usado pelas pesquisas do AtoM. Volume es_data.
gearman	4730	Broker de filas para tarefas assinc.
atom	8080->80	Nginx + PHP-FPM servindo a aplicacao web. Monta ./src e volumes atom_cache/atom_uploads.
atom-worker	n/a	Roda symfony jobs:worker continuamente. Compartilha os mesmos volumes de codigo/cache/uploads.

Primeiros passos

1. Copie as variaveis padrao: cp .env.example .env e ajuste conforme necessario (URLs, credenciais externas etc.). Atente-se para que as credenciais do banco sejam as mesmas utilizadas no AtoM (ex.: MYSQL_USER=atom e ATOM_DB_USER=atom).
2. Construa a imagem local (necessario apenas na primeira vez ou quando o Dockerfile mudar): docker compose build atom atom-worker.
3. Suba toda a stack: docker compose up -d. Se preferir fazer build + subida em um unico passo, basta rodar docker compose up -d --build.
4. Acompanhe os logs iniciais: docker compose logs -f atom ate ver Instalacao concluida. (primeira subida) ou DB ja inicializado.
5. Acesse http://localhost:8080. O URL publico tambem e controlado pela variavel ATOM_URL.

Observacao: a instalacao automatica ocorre somente quando o schema atom nao contem tabelas. Se desejar reexecutar, apague o volume mysql_data ou rode manualmente docker compose exec atom php symfony tools:install apos limpar o banco.

Primeiros passos apos a instalacao

1. Na interface web do AtoM logue como administrador (default: usuario lucasrodrigues@ibict.br e senha lucas) e siga os passos:
2. Altere o idioma padrao para portugues clicando no icone de planeta no canto superior direito e selecionando Português.

Fluxo de desenvolvimento

• Codigo vivo: edite qualquer arquivo em src/ e suas mudancas aparecem imediatamente dentro dos containers.
• CLI do Symfony: use docker compose exec atom php symfony <comando> (ex.: search:populate, cache:clear).
• Tarefas assinc: o container atom-worker e dependente do atom e reusa as variaveis do .env. Se precisar rodar um job isolado, utilize docker compose run --rm atom php symfony jobs:worker --trace.
• Assets front-end: existem scripts em src/package.json. Execute docker compose exec atom npm install e npm run dev/build conforme o fluxo do projeto.

Persistencia de dados

• mysql_data: armazena o banco AtoM.
• es_data: indice do Elasticsearch.
• atom_cache: cache Symfony e artefatos temporarios.
• atom_uploads: anexos enviados pelos usuarios.

Para backup local rapido: docker run --rm -v mysql_data:/volume -v $(pwd):/backup alpine tar czf /backup/mysql_data.tar.gz -C /volume . (repita para outros volumes). Sempre desligue os containers antes de copiar arquivos de dados.

Variaveis de ambiente relevantes

• ATOM_DB_*: host, nome, usuario e senha do MySQL (default: mysql, atom, root, rootpass).
• ATOM_ES_HOST: host do Elasticsearch (default elasticsearch).
• ATOM_GEARMAN_HOST: host do Gearman (default gearman).
• ATOM_URL: URL externa usada pelo AtoM para gerar links absolutos.
• AUTO_INSTALL: definido em docker-compose.yml para atom. Quando 1, dispara symfony tools:install se nao houver tabelas no banco.

Qualquer variavel do .env fica disponivel tanto no container atom quanto no atom-worker.

Operacao e manutencao

• Ver logs em tempo real: docker compose logs -f atom (ou mysql, elasticsearch, atom-worker).
• Atualizar codigo: execute git pull no host e reinicie docker compose up -d atom atom-worker.
• Recriar somente os containers de aplicacao apos alterar dependencias PHP/JS: docker compose up -d --build atom atom-worker.
• Parar todo o ambiente: docker compose down (usa -v apenas se quiser descartar dados).
• Limpar caches manualmente: docker compose exec atom php symfony cc.

Scripts auxiliares (scripts/)

• reset.sh: reset parcial. Para os containers, remove os volumes mysql_data, es_data e atom_cache (mantem atom_uploads) e sobe tudo novamente com docker compose up -d --build. Utilize quando quiser reinstalar banco e indices sem perder uploads.
• reset-atom.sh: reset total. Solicita confirmacao digitando sim, derruba os containers, remove todos os volumes (incluindo uploads) e religa o ambiente. Ideal para voltar ao estado zero; apos o procedimento o symfony tools:install roda automaticamente.
• Ambos os scripts devem possuir permissao de execucao (chmod +x scripts/*.sh) e podem ser executados a partir da raiz do projeto.

Solucao de problemas

• MySQL nunca fica healthy: valide se outra instancia esta usando a porta 3306 no host; verifique docker compose logs mysql para mensagens de permissao no volume mysql_data.
• Elasticsearch reinicia por falta de memoria: reduza o uso local ou edite ES_JAVA_OPTS em docker-compose.yml (ex.: -Xms512m -Xmx512m).
• Worker parado: confirme que atom-worker esta Up com docker compose ps. Se necessario, reinicie apenas ele com docker compose restart atom-worker.
• Permissoes quebradas em uploads: rode docker compose exec atom chown -R www-data:www-data /var/www/atom/uploads.

Atenção

Pode acontecer alguns erros na instalação automática dependendo do ambiente. Recomenda-se que na primeira instalação a pasta src seja copiada diretamente do repositório oficial do AtoM em: https://storage.accesstomemory.org/releases/atom-latest.tar.gz e descompactada na pasta src deste repositório.

Referencias

• Documentacao oficial do AtoM: https://www.accesstomemory.org/en/docs/2.8/
• Guia do docker compose: https://docs.docker.com/compose/

Autor

• Lucas Rodrigues Costa - lucasrodrigues@ibict.br